Historii zhořské farnosti lze rozdělit do dvou částí. První období je datováno od doby osidlováním kraje až do doby, kdy farní obec zakoupil ke svému panství Jan Chroustenský z Malovar. To bylo asi v polovině 16. století, tehdy byla zhořská farnost přifařena k Měřínu. Druhé období začíná po roce 1623, kdy byl majetek zkonfiskován a přešel pod brtnické panství Collaltů. V roce 1669 byla farnost přifařena k nově ustanovené farnosti Bohdalov. V roce 1765 byla zřízena ve Zhoři farní lokálie podřízena Bohdalovu. V roce 1784 byla tato lokálie osamostatněna a roku 1859 povýšena na farnost, která trvá dosud.
   Farnost patřila původně třebíčskému klášteru a později jeho měřínskému probošství, ve 14. století děkanství tasovskému. Po obnovení lokálie v roce 1765 pak děkanství měřínskému a po reorganizaci církevní správy od roku 1952 patří do děkanství jihlavského. Původně do farnosti patřili obce Zhoř, Nadějov, Stáj, Jamné, Rybné a osada Lipina. Po ustanovení farní lokálie Jamné byla tato obec i se sousední Rybnou vyčleněna ze zhořské farnosti. Od roku 1990 do roku 2004 byla zhořská farnost spravována knězem, který sídlil v Lukách nad Jihlavou.
Ve farnosti a v přifařených obcích jsou kaple a kostel zasvěceni těmto svatým: kostel ve Zhoři sv.Márkétě, kaple v Nadějově sv. Václavu a sv. Floriánu, kaple ve Stáji sv. Janu Nepomuckému a kaple v Arnolci sv. Vendelínovi. O životě těchto svatých se více dozvíte zde:
:: sv. Markéta, :: sv. Václav, :: sv. Jan Nepomucký,
:: sv. Florián, :: sv. Vendelín